Все начинается с рутинной спасательной миссии в космосе. Команда Людей Икс во главе с профессором Ксавьером отправляется спасать астронавтов, и Джин Грей решает остаться, чтобы помочь. Но что-то идет не так. На корабль обрушивается таинственная космическая энергия, и Джин принимает весь этот удар на себя. Она выживает, но с этого момента в ней просыпается нечто древнее и невероятно мощное.
Вернувшись на Землю, Джин пытается жить как прежде, но ее телекинетические и телепатические способности начинают выходить из-под контроля. Ее мучают вспышки гнева и видения из прошлого, которые ставят под сомнение все, что она знала о себе и своем наставнике, профессоре Ксавьере. Внутренние демоны и эта новая космическая сила сливаются воедино, превращая ее в Тёмного Феникса – существо чистой, необузданной мощи.
Раскол проходит прямо по сердцу команды. Магнето, давний соперник Ксавьера, видит в Джин угрозу для всего мутантского рода и готов на крайние меры. Бывшие союзники и друзья, вроде Циклопа и Мистик, оказываются по разные стороны баррикад. Джин, разрываемая силой и болью, невольно раскалывает свою семью Людей Икс, заставляя их сражаться друг с другом.
Кульминация наступает, когда темная сущность Джин полностью берет верх, угрожая уничтожить не только мутантов, но и всю планету. Старым врагам – Ксавьеру и Магнето – приходится объединиться, чтобы попытаться достучаться до той Джин, которую они когда-то знали и любили. Последняя битва разворачивается в поезде, мчащемся через страну, и это становится испытанием не столько силы, сколько веры и готовности пожертвовать всем ради спасения души, потерянной во тьме.