В мире грядет настоящий переполох. Компания "Уоррингтон" заявляет, что создала лекарство от мутации - простой укол, и любой мутант станет обычным человеком. Эта новость раскалывает всех. Профессор Икс верит в право выбора для каждого, а его старый друг и противник Магнето видит в сыворотке оружие геноцида и собирает армию для войны с человечеством.
А тем временем случается невероятное. Джин Грей, которую все считали погибшей, возвращается. Но это уже не та Джин, которую знала команда. Из глубин ее сознания пробудилась древняя и всесокрушающая сила Феникса. Она не подчиняется никому и едва контролирует саму себя, представляя угрозу абсолютно для всех.
Людям Икс приходится разрываться между двумя угрозами. С одной стороны - армия Магнето, которая готова штурмовать лабораторию и уничтожить лекарство любой ценой. С другой - их бывшая подруга и соратница Джин, чья мощь растет с каждой минутой и грозит уничтожить все на своем пути. Профессор Икс пытается достучаться до разума Джин, но сила Феникса слишком велика.
Все это приводит к грандиозной и трагической битве на острове Алькатрас. Люди Икс сражаются с Братством Магнето, пытаясь не допустить катастрофы. В эпицентре этого хаоса оказывается Логан, которому предстоит сделать самый тяжелый выбор в своей жизни - попытаться остановить Джин, зная, что спасти ее уже невозможно. Финальное противостояние навсегда изменит судьбу всех мутантов.