Томас приходит в себя в движущемся лифте и не помнит ничего, кроме своего имени. Он оказывается в Глейде - огромной зеленой поляне, окруженной со всех сторон гигантскими каменными стенами. Здесь живут такие же подростки, которых доставляли сюда по одному раз в месяц. Они создали свое примитивное общество, пытаясь выжить и разгадать тайну Лабиринта, что окружает их дом. Стены Лабиринта каждую ночь сдвигаются, а в его коридорах рыщут ужасные механические твари - гриверы.
Томас, вопреки правилам, решает стать Бегуном - одним из тех, кто исследует Лабиринт днем, пытаясь найти выход. Его любопытство и смелость привлекают внимание лидера Ньюта и вызывают гнев Галли, который отвечает за безопасность. Вскоре после прибытия Томаса в лифте привозят первую за всю историю девочку - Терезу. Она впадает в кому, но прошептывает его имя, и с ее появлением в Глейде начинают происходить странные вещи: лифт перестает работать, а стены перестают закрываться на ночь, оставляя лагерь беззащитным перед гриверами.
Чтобы выжить, Томас, Ньют, Минхо и другие глайдеры вынуждены ворваться в сам Лабиринт и искать путь наружу. Они сражаются с чудовищами, теряют друзей и находят странные лаборатории, где начинают понимать, что все это - чей-то чудовищный эксперимент. В конце концов, отряд во главе с Томасом находит выход из Лабиринта, но это оказывается лишь началом их пути. Снаружи их встречают люди из таинственной организации WCKD, и становится ясно, что настоящий кошмар только начинается.