Майлз Моралес, обычный подросток из Бруклина, снова балансирует между жизнью Человека-паука и учёбой. Он скучает по Гвен Стейси, своей Спайдер-Гвен из другой вселенной, и вот она неожиданно возвращается, открывая портал прямо в его комнату. Гвен собирает команду Пауков для борьбы с новой угрозой — Аниматором, таинственным злодеем, который может стирать целые реальности. Майлз, вопреки правилам, прорывается вслед за ней в мультивселенную.
Он попадает в огромный Паучье общество, базу, где Пауки со всех измерений следят за сохранением канона — ключевых событий, которые должны произойти в каждой вселенной. Лидер общества, Мигель О’Хара, он же Спайдер-Мэн 2099, и Джессика Дрю, Спайдер-Вумен, объясняют Майлзу, что Аниматор опасен, но и сам Майлз — аномалия, нарушившая порядок. По их словам, его существование угрожает всей мультивселенной.
Майлз отказывается верить, что он ошибка, и сбегает. Вместе с неожиданными союзниками — уставшим Питером Б. Паркером, теперь отцом семейства, паучьим детективом Хобсом, маленькой гениальной Пени Паркер и бунтарём Спайдер-Панком — он пускается в безумную погоню через бесчисленные измерения. От чёрно-белого нуарного мира до вселенной, нарисованной как детский мультик, Майлз пытается добраться до своей реальности, чтобы предотвратить каноническое событие — смерть своего отца.
В финале он узнаёт шокирующую правду: Аниматор — это отец его друга, превратившийся в монстра из-за экспериментов, а Мигель О’Хара скрывал от него ещё более мрачную тайну. Майлз оказывается в ловушке в той самой вселенной, откуда пришёл его паук-мутант, а его собственный мир остаётся без защиты перед лицом Аниматора. История обрывается на самом напряжённом моменте, оставляя Майлза одного в чужой реальности, а его друзей — готовящихся к последней битве без него.