В Токио находят двух людей, умерших от отравления сероводородом. Связи между ними вроде бы нет, и приглашенный эксперт, профессор геологии Сюнсукэ Аои, уверен - это просто редчайшая случайность, трагическое стечение обстоятельств. Но детектив из полиции Токио нащупывает ниточку, связывающую жертв, и не может понять, как такое убийство вообще возможно совершить.
Всё меняется, когда профессор Аои случайно сталкивается со старшеклассницей Мадокой. Эта девушка обладает невероятными способностями, она может видеть и вычислять вероятности будущего, словно настоящая ведьма. За этой силой охотятся правительственные агенты, и Мадоке приходится постоянно скрываться.
Теперь профессору и детективу предстоит разобраться, как способности Мадоки связаны с таинственными смертями. Они погружаются в расследование, где магия математики сталкивается с холодным расчетом убийцы. Им нужно не только раскрыть преступление, но и защитить девушку от тех, кто хочет использовать её дар в своих целях.
Постепенно выясняется, что убийства - это лишь часть чего-то большего, сложного плана, в котором Мадока играет ключевую роль. Героям придется объединиться, чтобы противостоять общей угрозе, где на кону стоит не только их жизни, но и сама реальность, которую можно изменить с помощью чистой логики и магии вероятностей.