Агентство «Монарх» уже много лет скрывает правду о древних титанах, но их равновесие рушится. Эколог-радикал вместе с бывшим мужем, ученым Марком Расселом, похищает их дочь Мэдисон, чтобы использовать устройство «Орка» для пробуждения всех монстров. Они хотят дать природе шанс очистить планету от человечества, но не понимают масштаба катастрофы.
Из глубин океана поднимается Годзилла, а из вулкана вырывается огненный Родан. Но главная угроза приходит из космоса – трехголовый змей Кинг Гидора. Этот инопланетный хищник подчиняет себе других титанов и начинает нести по миру абсолютное разрушение. Человеческие армии бессильны, города стираются с лица земли.
Марк Расселл и его команда, включая ученого доктора Чена и ветерана «Монарха» доктора Сэридзаву, понимают, что единственная надежда – это Годзилла. Они должны помочь королю монстров восстановить силы для решающей битвы. Рискуя всем, они доставляют ему ядерный заряд, чтобы подпитать его древнюю энергию.
Начинается грандиозная схватка в Бостоне. Годзилла сражается с Кинг Гидорой, а Родан и другие титаны наблюдают, ожидая исхода. В самый критический момент Мэдисон жертвует собой, чтобы отключить «Орку» и лишить Гидеру контроля над остальными. Получивший мощь Годзилла в яростной дуэли одолевает врага, испепеляя его атомным лучом.
С победой Годзиллы титаны склоняют головы перед новым королем и расходятся по миру, восстанавливая нарушенный баланс. Человечество получает суровый урок – оно больше не хозяин этой планеты, а лишь один из ее обитателей, который должен научиться сосуществовать с древними силами природы.