Капитан Уиллард получает задание в самом пекле Вьетнамской войны. Ему нужно найти полковника Курца, который сошел с ума и устроил собственное королевство в джунглях Камбоджи. Приказ простой — ликвидировать. Уиллард садится на патрульный катер и плывет вверх по реке, в самое сердце тьмы.
По пути он встречает подполковника Килгора, который обожает запах напалма по утрам и устраивает целое шоу из захвата пляжа для серфинга под обстрелом. Команда на катере — молодые, напуганные парни, для которых война давно перестала быть понятной. Они видят, как реальность плавится и превращается в сплошной кошмар.
Чем дальше они заплывают, тем сильнее атмосфера сгущается. Встречаются то патрули, которые потеряли всякую дисциплину, то местные жители, которых война превратила в зверей. Уиллард начинает собирать досье на Курца и понимает, что тот был блестящим офицером, но война сломала его. Он начал действовать своими методами, которые военное командование сочло слишком жестокими и безумными.
Когда катер наконец добирается до базы Курца, Уилларда встречает полная дичь. Вокруг стоят головы на кольях, а сам Курц сидит в тени и читает книги. Он уже не похож на человека, а на какое-то древнее божество войны. Уиллард понимает, что между ним и Курцем теперь гораздо больше общего, чем он думал.
В финале Уиллард принимает решение. Он убивает Курца мачете под ритуальные крики племени, а затем выходит из храма и забирает с собой выжившего механика. Кошмар заканчивается, но вопросов остается больше, чем ответов. Война не отпускает никого.
